ویژگی شیخ زکزاکی این بود که از اختلافات عبور کرده بود. شیخ هیچ مسجد شیعه‌ای تأسیس نکرد. چرا که معتقد بود مسجد خانۀ خداست و هرکس که به خدا و پیامبر اعتقاد داشته باشد، مسلمان است.
برخلاف بسیاری از پیغمبران مانند لوط و صالح و یونس و غیره که دعوت و رهبری محلی و قومی داشتند، می بینیم ابراهیم(ع) پیغمبر «بی وطن» کامل و خالی از هر گونه رنگ نژادی و کشوری بوده...
اولین مبنای سید در مسئله تقریب به رسمیت شناختن دیگران است. یعنی ما وجود متکثر و متفاوت دیگران را به رسمیت بشناسیم. به رسمیت بشناسیم که کسان دیگری هم وجود دارند که مثل ما فکر نمی کنند.
بخشی از این کتاب، زیارت قبرستان بقیع است و در آنجا، زیارت نامه ای برای «اهل بیت» آورده که در نوع خود کم نظیر و شاید بی نظیر باشد.
آفت «امحاء و تدوین» بیشتر خاص جدال گران مذهبی متعصب شیعی و آفت «امحاء و تطهیر» بیشتر مختص جدال گران مذهبی متعصب سنی است که هر دو گروه تاریخ اسلام را به میل خود رفو می کنند.
زمان و مکان درس گفتنش را پرسیدم و به حلقه ی درسش در مسجد رأس الحسین(ع) رفتم. مشغول تدریس اصول فقه در مبحث عام و خاص بود. پی بردم که دانشی فراوان دارد و حس کردم که گمشده ی من است.
اگر اسلام و تشیع برای زندگی برنامه دارند و اگر قرائت ما از دین یک قرائت حیات بخش است، باید لوازم حیات را هم مراعات کرده باشد. یکی از لوازم بدیهی حیات حفظ حرمت دیگران و احترام به آنان است.
«زمانی که زید بن علی زین العابدین(ع) بر هشام بن عبدالملک، در سال ۱۲۱ هجری قمری خروج نمود، ابوحنیفه گفت: «ضاهی خروجه خروج جده رسول الله(ص) یوم البدر؛ خروج او شبیه خروج جدش رسول خدا(ص) در روز جنگ بدر است»
هر مسلمانی که به پروردگار یکتا ایمان داشته و به یگانگی او و رسالت حضرت محمّد(ص) شهادت دهد، منکر ضروری دین اسلام نباشد و به ارکان دین اسلام اعتقاد داشته و از نماز، علم و اطلاع کافی داشته باشد، شایسته امامت نماز است...
یقین دارم تمام مشکلاتی که به نام اختلافات شیعه و سنی ایجاد می شود ریشه در مکر و حیله یهود دارد...
فرمود: «فانما انتم اخوان فی دین الله ما فرق بینکم الا خبث السرائر وسوء الضمائر» برای اینکه بفهمید عامل اختلاف چیست، درون خود را بشکافید تا بیابید که بد طینتی عامل اختلاف است. مقام خواهی و سوء ضمیر عامل اختلاف است.
دامن زدن به اختلافات مذهبی میان مسلمانان، همواره مورد توجه جدی استکبار در جهت تفرقه افکنی، بوده است. آنها این موضوع را از راه های گوناگون نظیر فرستادن جاسوس، مبلغان تبشیری و خاورشناسی و... دنبال کرده اند